Kui eraldatavad materjalid läbivad töötavat magnetkolonni, tõmbab magnetiline materjal tugeva magnetvälja poolt ligi, põhjustades selle kogunemise kolonnile ja eraldumise mitte--magnetilisest materjalist. Ja vastupidi, mitte-magnetiline materjal voolab magnetkolonni küljelt välja.
